Bohemya alanında kutsal Roma imparatorluğu döneminde, IV.Karl (Charles) tarafından 1348 yılında kurulmuştur. Çok sayıda ünlü bilim adamının ve yazarın mezun bulunduğu önemli okullardan biridir. Nikola Tesla, Franz Kafka bunlardan bazılarıdır.

Çek Teknik Üniversitesi (Çek dilinde České vysoké učení technické v Praze – ČVUT) İngilizce olarak Czech Technical University Çek Cumhuriyeti’nin en büyük üniversitelerinden biridir. 1707 yılında kurulmuş olmakla beraber Avrupa’nın en eski teknik üniversitesidir. Yaklaşık 23.000 öğrencisi bulunmaktadır. Avrupanın önünde gelen teknik üniversitelerindendir.

Çek Yaşam Bilimleri Üniversitesi (Česká zemědělská univerzita v Praze) 1906 yılında kurulmuştur. Çek Cumhuriyetinde en büyük ve en çok oğrencileri olan Üniversitelerin arasındadır. 18 000 oğrencisi vardır (10% yabancı oğrencidir). Eğitim dili İnglizce olan birçok bölümü vardır.

Masaryk üniversitesi Brno şehrinde bulunur. 200 fazla bölüm bulunmaktadır. Enstitü ve kliniklerde 9 fakültesi mevcuttur. 1919 yılında kurulmuştur.

Olomouc Palacky üniversitesi, Prag Charles üniversitesi’nden sonra ülkenin en eski ikinci üniversitesidir. Kuruluşu 1573 yılına kadar dayanıyor.